Sekolah Marie Joseph berdiri pada tanggal 10 Januari 2004. Nama untuk sekolah Marie Joseph diambil dari nama pendiri Kongregasi Fransiskanes Sambas (KFS), yaitu Muder Marie Joseph Raymakers dari Etten Leur, Belanda.
TK Marie Joseph (KB dan TKK) adalah pioner dari Sekolah Marie Joseph, sebab sekolah ini tidak langsung ada unit TK, SD,SMP,SMU. Namun, seiring dengan perkembangan jumlah siswa yang begitu pesat, 2 tahun kemudian unit SD, lalu unit SMP dan SMA secara bersamaan dibuka.
Sebagai langkah awal, TK marie joseph hanya memiliki 4 tenaga pengajar yang semuanya para suster KFS. Para tenaga pengajar ini telah berpengalaman mengajar di sekolah – sekolah milik kongregasi.
Motto sekolah Marie Joseph adalah Cerdas, Kreatif, Mandiri dan Berbudi Luhur. Dengan demikian tamatan Marie joseph diharapkan memiliki ke empat aspek kepribadian tersebut yakni menjadi pribadi yang cerdas, kreatif, mandiri dan berbudi luhur.
Kurikulum yang akan dipakai mengikuti kurikulum yang telah ditetapkan oleh Departemen Pendidikan Nasional. Kegiatan lainnya adalah:: Ibadat sabda / Misa, Perayaan Natal, Perayaan Paskah, HUT Sekolah, Rekreasi bersama, Hari Keluarga, Kunjungan Industri, Jumpa Tokoh, Makan bersama (KB -TK), Memasak, ekskul. Kegiatan ini diadakan untuk memperkaya pengetahuan dan ketrampilan, serta mengembangkan iman anak.